Programma del Corso: LABORATORIO DI BIOINFORMATICA I (cod. 46320)

Prof. Piero Fariselli

Scopo:

Lo scopo del corso di LABORATORIO DI BIOINFORMATICA I e' quello di fornire allo studente una preparazione di base pratica per l'implementazione e l'utilizzo di strumenti bioinformatici.

Programma:

Elementi di Unix, elementi di programmazione shell, linguaggio perl. Utilizzo della suite di programmi BLAST dalla linea di comando. Utilizzo di uno o piu' programmi di allineamento dalla linea dicomando. Utilizzo di librerie Bioinformatice come Bioperl. Scrittura di programmi per il parsing di file testuali di biosequenze come FASTA, SWISSPROT, PDB, ecc. Implementazione di shell o perl scripts per l'utilizzo dei programmi visti o precedentemente scritti, su interi genomi o parti di essi. Esame finale: Presentazione di un eleborato contenente uno o piu' programmi sviluppati dallo studente.

Testi consigliati:

• Developing Bioinformatics Computer Skills by Cynthia Gibas, Per Jambeck O'Reilly 2001
• Beginning Perl for Bioinformatics by James Tisdall O'Reilly 2001