Perché queste note

Credo sia evidente a tutti che data la complessità raggiunta dalla biologia molecolare (in senso lato) non è più possibile operare prescindendo completamente dagli strumenti bioinformatici.

Esistono a mio avviso tre possibili modi di affrontare la biologia computazionale, che sono:

• da utente: ossia vogliamo sapere come utilizzare gli strumenti che ci servono per il lavoro quotidiano,
• da utente esperto: ossia vogliamo sapere non solo come si utilizzano quelli di nostro interesse, ma anche quali altri strumenti esistono, a che cosa servono e come funzionano
• da sviluppatore: vogliamo crearne di nuovi per i nostri specifici scopi, senza ovviamente 'riscoprire l'acqua calda'.

Per ciascuna delle tre possibilità esistono percorsi di studio diversi, e libri più o meno adeguati. Purtroppo, per quanto riguarda l'ultimo punto esistono libri di diverso livello che a mio avviso non permettono un avvicinamento veloce dello studioso di materie biologiche agli strumenti bioinformatici. In particolare, esistono libri di carattere generale [6,8,17,16] ottimi per il livello utente ma non adatti a quello successivo. Oppure libri fatti molto bene come [2,4,7,9,10,11], ma che presumono già una conoscenza di algoritmi e programmazione. Infine esistono libri come [14], che forniscono le basi di un linguaggio e programmazione, ma non entrano nella parte algoritmica.

Lo scopo di queste note è quello di riuscire in modo condensato a dare una idea di cosa sia un algoritmo, come lo si può codificare in un programma ed in più capire il funzionamento di alcuni metodi che stanno alla base di molti sistemi biopinformatici. Mi rendo conto che tutto ciò è estremamente pretenzioso, e per questo motivo destinato al fallimento, non riuscendo ad essere esauriente in tutte e tre le parti per

• mancanza di approfondimento sui metodi bioinformatici attuali,
• per carenze sulla parte algoritmica,
• per un dettaglio non sufficiente lasciato al linguaggio di programmazione.

Nonostante ciò covo la speranza che questo tentativo riesca comunque servire da ponte per passare all'analisi di testi più completi e fondamentali.