Inglese (First Certificate in luglio 1996 con voto B)

POSIZIONE E OCCUPAZIONE ATTUALE

• Sono Ricercatore a contratto per il Corso di Laurea in Biologia Evol. Sper. dell'Università di Bologna (assegnista di ricerca).
• Sono il referente tecnico del dominio di rete dell'unità di Biocomputing del CIRB (biocomp.unibo.it, 137.204.193.x).

CORSI E SCUOLE

1. Specialisti di sistemi PC presso COFIMP Theorema (Bologna 1989). Il corso della durata di 7 mesi comprendeva uno stage presso un'azienda.
2. Scuola di Modellistica e Dinamica di Macromolecole Biologiche (C.N.R. Roma, 1992).
3. Scuola estiva di elaborazione vettoriale e parallela (CINECA 1992).
4. Protein Design Course on Computer, European Molecular Biology Laboratory, Heidelberg 1994. Questa scuola prevedeva una selezione (15 su oltre 100 domande), in base ad un progetto presentato di modellistica molecolare.
5. Ho partecipato a tutte le Scuole Italiane di Biofisica di Bressanone (frequenza annuale) dal 1993 al 1999.


Come docente

1. Workshop SIPBA on Theoretical and Computational Aspects of Protein Folding (Bologna, 1994)
2. Scuola Italiana di Biofisica "Biophysics of electron transfer" (Bressanone 1997).
3. Prima scuola internazionale "BOLOGNA SUMMER SCHOOL on Biotechnology LIGAND-RECEPTOR INTERACTION" (Bologna 19-29 luglio, 1998)
4. Scuola per l'aggiornamento dei docenti delle scuole medie superiori, sponsorizzata dalla Fondazione Golinelli, dal titolo "La nuova Biologia" (Bologna 7-11 settembre 1999)
5. Seconda scuola internazionale "BOSS '99 BOLOGNA SUMMER SCHOOL on Biotechnology PROTEIN SEQUENCE ANALYSISIN THE GENOMIC ERA" (Bologna 10 16 ottobre 1999, http://www.biocomp.unibo.it ).

DIDATTICA SVOLTA IN AMBITO UNIVERSITARIO

• Sono docente del corso "Elementi di Bioinformatica" per il Corso di Laurea in Scienze Biologiche dell'Università di Bologna
• Sono stato Professore a contratto del corso (annuale fondamentale di indirizzo) di Modelli di Sistemi Biologici, per il Corso di Laurea in Biotecnologie dell'Università di Bologna gli anni accademici 1997/98 e 1998/99.
• Sono stato Professore a contratto del corso di Modellistica Molecolare all'interno del Corso di Biochimica per la Scienze Biologiche dell'Università di Ferrara (a.a. 1998/1999 e 1999/2000)
• Dal 1991 ad oggi ho svolto seminari nei corsi di Biofisica per i Corsi di Laurea in Scienze Biologiche e Fisica.
• Ho svolto attività didattica per i corsi di Laboratorio di Fisica e Tecnologie Biochimiche per il Corso di Laurea in Scienze Biologiche, partecipando alle commissioni di esame.
• Ho coadiuvato l'esercitazione di Informatica per il corso di laurea in Biotecnologie (anno di corso 1996/97).

CONGRESSI

Ho partecipato a numerosi congressi nazionali ed internazionali (vedi elenco allegato).I più' importanti sono stati:

• "Intelligent Systems for Molecular Biology 1995", al quale il nostro lavoro e' stato tra i 48 selezionati su 88.
• "Intelligent Systems for Molecular Biology 1996" (St. Louis) tra cui il nostro lavoro, in collaborazione con il Dr. B. Rost (EMBL, Heidelberg) e' stato tra il tra i 27 selezionati su 65 presentati.
• "Computer Science and Biology" (Leipzig), al quale il nostro lavoro é stato tra i 55 selezionati su 230.
• "Intelligent Systems for Molecular Biology 1997" (Halkidiki) tra cui il nostro lavoro e' stato tra i 54 selezionati su 83 sottomessi.
• Sono stato personalmente invitato a presentare un lavoro al worshop "Scientific Application of Neural Networks" sponsorizzato dalla società di fisica tedesca presso il WE Heraeus Seminar a Bad Honnef (1998).
• "Intelligent Systems for Molecular Biology 1999" (Heidelberg) tra cui il nostro lavoro e' stato tra i 34 selezionati su 90 sottomessi
• "Intelligent Systems for Molecular Biology 2000" (San Diego) tra cui il nostro lavoro e' stato tra i 40 selezionati su gli oltre 140 sottomessi

ALTRE ATTIVITÀ SVOLTE

• Sono stato ricercatore a contratto per un progetto EUROPEO (TTN-DRUG) per lo studio di nuovi metodi per la progettazione assistita di molecole di interesse farmaceutico (1999). Per tale progetto ho contribuito alla fase di presentazione, organizzazione e reports per la comunità europea.
• Dal 1993 al 1996 sono stato il referente tecnico per le connessioni ad Internet del Dipartimento di Biologia (dominio IP 137.204.222.X di Botanica).
• Sono stato tecnico con contratto dal 1996 al 1999 presso l?Università di Bologna per il coordinamento e lo sviluppo dell'attività didattica relativa ai corsi di bioinformatica. In tale veste ho realizzato i laboratori di Biocomputing per il corso di laurea in Biotecnologie. Essi che consistono di:

1. una rete Windows 95 di 52 PC eseguendo la selezione di HW/SW e la realizzazione pratica;
2. una rete di workstation Unix (4 Alphastation Digital e 2 Risc6000 IBM) con connessione Internet;
3. definizione di un dominio locale (biocomp.unibo.it) con server web (http://www.biocomp.unibo.it), per l'unita' di biocomputing del CIRB.

PRINCIPALI LINEE DI RICERCA

1. Studi teorici del folding proteico.
2. Sviluppo di "mean force potentials" per la studio strutturale e funzionale di sequenze proteiche.
3. Applicazione della quanto-meccanica molecolare per lo studio computazionale della reattivitá chimica di molecole di interesse biologico mediante calcoli ab-initio.
4. Utilizzo e sviluppo di programmi di meccanica molecolare su rappresentazioni semplificate di molecole biologiche: dinamica molecolare, metodi montecarlo, algoritmi evolutivi e reti neurali.
5. Analisi di sequenze e sviluppo di metodi predittivi a partire dalle informazioni contenute nelle banche dati sperimentali.
6. Applicazione e sviluppo di algoritmi di intelligenza artificale, programmi evolutivi e algoritmi di interesse per la biologia molecolare e la biofisica molecolare.
7. Modelli teorici atti a descrivere l'interazione tra ioni e/o molecole parzialmente idrofobiche con membrane biologiche.

CONOSCENZE ACQUISITE

• Dal 1991 coadiuvo le attività del gruppo di biofisica computazionale, per quanto riguarda gli aspetti della predizione proteica e dell?utilizzo degli algoritmi di intelligenza artificiale. Ho in questo tempo coordinato il lavoro di alcuni laureandi e laureati, per quanto riguarda la scelta e lo sviluppo delle loro ricerche.
• In alcuni casi, ho inoltre curato personalmente la fase di addestramento attraverso corsi tematici, di programmazione e di utilizzo di strumenti necessari per lo svolgimento dei loro obbiettivi.
• Con la Prof. Rita Casadio sono stato fondatore dell'unità di Biocomputing del CIRB (http://www.biocomp.unibo.it).
• Ho attivamente partecipato all'organizzazione del progetto Technology Transfer Node DRUG, finanziato dalla comunità europea ed alla stesura del progetto europea recen temente finanziato BioWulf (IST-project).

• Conoscenze di informatica teorica e pratica.
• Conoscenze generali di biofisica e biofisica molecolare, modellistica biomolecolare, sistemi complessi (reti neurali e algoritmi evolutivi).
• Utilizzo di Banche Dati per la biologia molecolare (PDB, Swiss-Prot, PIR, DSSP, HSSP, FSSP).
• Conoscenze di Chimica-Fisica computazionale, con particolare riguardo ai codici di meccanica e quanto-meccanica molecolare (metodi empirici, semiempirici, ab initio e density functional)

ELENCO DELLE PUBBLICAZIONI